Analytical recommendations for SARS-CoV-2 identification by RT-PCR in pediatric patients / Recomendaciones analíticas para la identificación de SARS-CoV-2 por RT-PCR en pacientes pediátricos

Abstract Coronavirus disease 2019 (COVID-19) is caused by the severe acute respiratory syndrome 2 coronavirus (SARS-CoV-2) and is currently listed as a global public health emergency. Timely identification and protocol implementations for molecular detection of this virus are vital for medical decision-making. Identification of SARS-CoV-2 infection cases is based on detection of the virus RNA by molecular tests, particularly real-time reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR). Technical and operational details specific to each center must be considered to perform the molecular diagnosis of SARS-CoV-2 in pediatric patients. The term “qualified laboratories” involves laboratories in which all users, analysts, and anyone reporting results are trained to develop and interpret results through a procedure implemented previously by an instructor. Such knowledge is essential in detecting and identifying errors during each of its phases: pre-analytical, analytical, and post-analytical, which allow the establishment of continuous improvement policies to ensure the quality of the results, but above all, the physical integrity of health workers.

Resumen La enfermedad por coronavirus de 2019 (COVID-19), causada por el coronavirus del síndrome respiratorio agudo grave 2 (SARS-CoV-2), está catalogada actualmente como una emergencia de salud pública mundial. La oportuna identificación y la implementación de protocolos para la detección molecular de este virus son de vital importancia para la toma de decisiones médicas. La identificación de los casos de infección por SARS-CoV-2 se basa en la detección de ARN del virus mediante pruebas moleculares, específicamente la reacción en cadena de la polimerasa de transcripción inversa (RT-PCR) en tiempo real. Existen detalles particulares de cada centro, tanto técnicos como operacionales, que deben considerarse para llevar a cabo el diagnóstico molecular de SARS-CoV-2 en pacientes pediátricos. El término «laboratorios calificados¼ se refiere a laboratorios en los cuales todos los usuarios, los analistas y cualquier persona que reporta resultados están capacitados para el desarrollo y la interpretación de estos a través de un procedimiento previo implementado por un instructor. Dichos conocimientos son indispensables para la detección y la identificación de errores durante el proceso en cada una de sus fases: preanalítica, analítica y posanalítica. Además, permiten establecer políticas de mejora continua que aseguran la calidad de los resultados, pero sobre todo la integridad física de los trabajadores de la salud.

Saliva as a promising biofluid for SARS-CoV-2 detection during the early stages of infection / La saliva como biofluido promisorio para la detección del SARS-CoV-2 durante las primeras etapas de la infección

Abstract Background: Diagnostic testing for coronavirus disease (COVID)-19 is performed using nasopharyngeal swabs. This type of sampling is uncomfortable for the patient, dangerous for health workers, and its high demand has led to a global shortage of swabs. One of the alternative specimens is saliva. However, the optimal conditions for the test have not been established. Methods: Reverse transcription-polymerase chain reaction was used to detect the viral genome in saliva samples kept at room temperature, in the fridge or frozen for 2 days. In addition, the influence of brushing teeth and feeding on the detection of the virus in saliva was addressed. Finally, the efficiency of saliva in revealing the presence of the virus during the hospitalization period was determined in children. Results: The viral genome was consistently detected regardless of the storage conditions of saliva samples. Brushing teeth and feeding did not influence the sensitivity of the test. In hospitalized children, positive results were obtained only during the early days. Conclusions: These results support the idea of the use of saliva as an alternative specimen for diagnostic testing for COVID-19. The viral genome is stable and endures perturbations in the oral cavity. However, clearance of the virus from the mouth during the infection may limit the use of the test only to the early stages of the disease.

Resumen Introducción: El diagnóstico de COVID-19 (enfermedad por coronavirus 2019) se realiza con un hisopado nasofaríngeo. El procedimiento de toma de muestra es molesto para el paciente y peligroso para el personal de salud, y la alta demanda de análisis ha conducido a la escasez de hisopos. Una alternativa es el uso de saliva, pero las condiciones óptimas para realizar el estudio no han sido establecidas. Métodos: Se usó la reacción en cadena de la polimerasa con transcriptasa reversa para detectar el genoma viral en muestras de saliva mantenidas a temperatura ambiente, en refrigeración o congeladas. Además, se evaluó la influencia del aseo bucal y de la ingesta de alimento en la detección del virus. Finalmente, se determinó el desempeño de la saliva para reportar la presencia del virus durante el periodo de hospitalización en niños. Resultados: El genoma viral fue estable durante 2 días a las diferentes temperaturas ensayadas. El aseo bucal y la ingesta de alimento no influyeron en la detección del virus. En los niños hospitalizados solo se obtuvieron resultados positivos durante los primeros días. Conclusiones: Los resultados coinciden con la idea del uso de la saliva como biofluido alternativo para el diagnóstico de COVID-19. El genoma viral es estable y no se ve afectado por perturbaciones en la cavidad oral; sin embargo, la dinámica de la infección puede provocar que el ensayo solo sea útil durante las primeras etapas de la enfermedad.

Omics techniques and biobanks to find new biomarkers for the early detection of acute lymphoblastic leukemia in middle-income countries: a perspective from Mexico / Técnicas ómicas y biobancos para el hallazgo de nuevos biomarcadores para la detección temprana de leucemia linfoblástica aguda en países de ingresos medios: una perspectiva mexicana

Abstract: Acute lymphoblastic leukemia (ALL) affects the quality of life of many children in the world and particularly in Mexico, where a high incidence has been reported. With a proper financial investment and with well-organized institutions caring for those patients, together with solid platforms to perform high-throughput analyses, we propose the creation of a Mexican repository system of serum and cells from bone marrow and blood samples derived from tissues of pediatric patients with ALL diagnosis. This resource, in combination with omics technologies, particularly proteomics and metabolomics, would allow longitudinal studies, offering an opportunity to design and apply personalized ALL treatments. Importantly, it would accelerate the development of translational science and will lead us to further discoveries, including the identification of new biomarkers for the early detection of leukemia.

Resumen: La leucemia linfoblástica aguda (LLA) afecta la calidad de vida de una gran cantidad de individuos en edad pediátrica en todo el mundo; particularmente en México, donde se ha reportado una alta incidencia. Con un apropiado fondo de inversión financiera, así como instituciones adecuadamente organizadas al cuidado de los pacientes con LLA, en conjunto con plataformas sólidas para llevar a cabo análisis globales y de alto rendimiento, se propone la creación de un repositorio para la conservación de suero y células provenientes de médula ósea y sangre derivadas de pacientes pediátricos con LLA al diagnóstico. Estos recursos, en combinación con las tecnologías ómicas, en particular la proteómica y la metabolómica, podrían permitir el establecimiento de estudios longitudinales y ofrecer una oportunidad para el diseño y aplicación de tratamientos personalizados para la LLA. Esta estrategia permitiría acelerar el desarrollo de la ciencia traslacional, favoreciendo el hallazgo de importantes descubrimientos, incluyendo la identificación de nuevos biomarcadores para la detección temprana de la leucemia.